Ngay sau khi Giáo hoàng Alexander II qua đời Hildebrand đã được bầu chọn làm Giáo hoàng mới vào ngày 29 tháng 4 năm 1073, người sau này được biết đến với danh hiệu là Giáo hoàng Gregory VII. Guibert khi đó với vai trò là Giám mục đã tới tham dự Công đồng đầu tiên do Giáo hoàng Gregory triệu tập vào Mùa chay tháng 3 năm 1074 tại Rôma, nơi đã thông qua một dự luật quan trọng nhằm chống lại tệ buôn thần bán thánh và tà dâm trong hàng giáo sĩ. Nhưng sau đó, Guibert đã nổi lên như người lãnh đạo của "phe đối lập" chống lại những cải cách của tân Giáo hoàng Gregory [5].

Sau khi tham dự công đồng mùa chay đầu tiên của Gregory, Guiber đã từ chối tham dự công đồng Mùa chay tiếp theo vào năm 1075, mặc dù ông bị buộc phải tới theo giấy triệu tập và lời tuyên thệ trung thành với Giáo hoàng trước đây. Sự vắng mặt đã cho thấy sự chống đống của Guiber với Gregory VII, người sau đó đã ra lệnh cấm Guiber được tham dự Thượng hội đồng Giám mục.

Nguyên nhân của cuộc xung đột giữa Guiber và Gregory là do vị Giáo hoàng đã ra một tuyên bố chấm dứt việc lấy vợ trong giới tăng lữ và tệ buôn thần bán thánh. Không những thế Gregory vốn nổi tiếng là "cứng rắn" còn kiên quyết loại bỏ các Giám mục chống đối và những linh mục còn giữ lại thê thiếp.

Đây cũng là thời điểm diễn ra cuộc xung đột giữa vua của đế quốc La Mã thần thánh là Henry IV và Gregory [6]. Dưới sự hậu thuẫn của Henry IV, một công đồng đã được triệu tập tại Worms vào tháng 1 năm 1076 nhằm phế truất Gregory với sự tham dự của các Giám mục Lombardo. Ngay sau đó, Gregory VII đã kiên quyết lên án các Giám mục Lombardo tại Công đồng mùa chay năm 1076.

Ngay sau đó, các Giám mục và tu viện trưởng của Lombardo quy tụ tại Pavia dưới sự chủ trì của Guiber đã tuyên bố rút phép thông công đối với Gregory. Một bức thư cũng được sứ giả của Henry IV mang đến Pavia nhằm phản đối Giáo hoàng. Đáp lại một cách mạnh mẽ, Gregory quyết định cứng rắn với Guiber khi tuyến bố vạ tuyệt thông tại Công đồng mùa chay tháng 2 năm 1078, đồng thời cho rằng Guiber đã đồng lõa với Tổng Giám mục Tebaldo chống lại mình. Không những thế, để lên án việc việc Henry IV triệu tập công đồng Worms 1076, Gregory cũng tuyên bố vạ tuyệt thông đối với Henry IV.